قال مسؤولون إيرانيون إنه في الأيام التي سبقت الهجوم على مقر حزب الله في بيروت، أرسل المرشد الأعلى لإيران رسالة إلى نصر الله عبر قيادي في الحرس الثوري يحثه على الفرار من لبنان بسبب معلومات استخباراتية تفيد بأن إسرائيل تستعد لمهاجمة لبنان، وبحسب التقرير، فإن خامنئي "يخشى الآن من تسلل إسرائيل إلى صفوف الحكومة في طهران".
وذكرت وكالة رويترز للأنباء مساء اليوم (الأربعاء) أن المرشد الأعلى لإيران علي خامنئي حذر الأمين العام لحزب الله حسن نصر الله قبل أيام قليلة من اغتياله ، وطلب منه الفرار من لبنان، كما أفادت التقارير أن خامنئي "يخشى التسلل الإسرائيلي إلى لبنان". ونقلت وكالة الأنباء الإيرانية عن ثلاثة مسؤولين إيرانيين قولهم إن خامنئي يشعر الآن بقلق بالغ إزاء "التسلل الإسرائيلي" إلى المناصب العليا في الحكومة الإيرانية.
ووفقا للتقرير، مباشرة بعد عملية تفجير أجهزة البيجر في 17 سبتمبر/أيلول، بعث خامنئي برسالة إلى نصر الله عبر أحد كبار فيلق القدس في الحرس الثوري، عباس نيلفروشان - يحث فيه نصر الله على الفرار إلى إيران، إلى جانب أحد عناصره. محذراً من أن معلومات استخباراتية تشير إلى أن إسرائيل لديها عناصر داخل حزب الله - وأنها تخطط للقضاء عليه. نيلبروشان كان بالقرب من المقر المركزي لنصر الله، وتم القضاء عليه معه في القصف الإسرائيلي في منطقة الضاحية .
وأعلن المتحدث باسم الجيش الإسرائيلي اسم عملية قتل نصر الله - عملية "النظام الجديد" - التي أسقطت فيها أكثر من 80 قنبلة على المخبأ الذي كان يقيم فيه، ووزن كل واحدة منها طناً، وهاجمت المقر المركزي لحزب الله الذي يقع تحت مبنى سكني في الضاحية في بيروت، وتم تنفيذ الهجوم بينما كان كبار ضباط حزب الله في المقر.
و بعد الساعة 18:00 بقليل من مساء يوم 27 سبتمبر/أيلول، أسقطت الطائرات المقاتلة التابعة للاحتلال أكثر من 80 قنبلة على مخبأ نصر الله - بمتوسط وزن طن واحد من المتفجرات لكل قنبلة - تخترق فيها القنابل المخابئ، تمت الموافقة على العملية قبل ساعات قليلة، بعد معلومات استخباراتية دقيقة عن موقع نصر الله في منطقة الداهية .
و كان مخبأ نصر الله عميقاً تحت الأرض، ولذلك تم اختيار السلاح الخاص القادر على اختراق الأرض وهناك إلى نقطة محددة تم اختيارها، ويمكن تقدير ذلك من خلال ملاحظة أعمدة النار الناتجة عن تأثير القنابل على الأرض.