يعد مسجد عمرو بن العاص أول جامعة إسلامية في مصر، حيث كان يتم فيه تعليم علوم اللغة العربية وتعاليم الإسلام، ومن أشهر الخطباء به الإمام الشافعي، كما يعد مسجد عمرو بن العاص أول مسجد بني في عاصمة مصر القاهرة التي كانت تسمى مدينة الفسطاط عام 21 هـ، ليكون هذا المسجد أحد أقدم الآثار الإسلامية في مصر.

وفي حديث لـ"العربية.نت" مع الدكتور نادر عبد الدائم، أستاذ الآثار الإسلامية حول تاريخ هذا المسجد، أوضح أن مسجد عمرو بن العاص يحمل تاريخ فتح الجيش الإسلامي لمصر، وذلك في عهد الخليفة عمر بن الخطاب عندما أرسل عمرو بن العاص ليوقف السيطرة البيزنطية على مصر، لذلك أرسل الجيش الإسلامي لفتح مصر.

وبعد إنشاء عاصمة جديدة لمصر على يد عمرو بن العاص وهي مدينة الفسطاط، قرر عمرو أن يكون هناك مسجد ليؤدي فيه المسلمون صلاة الجمعة والصلوات الخمس. ولم يكن المسجد في هذا الوقت بهذه المساحة أو النقوش حيث بني المسجد من الطوب اللبن وسقفه من جذوع النخل، بالإضافة إلى بئر كانت معروفة باسم البستان وكانت يستخدمها المصلون للوضوء.

وأكد عبد الدائم أنه تم توسيع مساحة المسجد في عهد الخليفة معاوية بن أبي سفيان، حيث قام مسلمة بن مخلد الأنصاري بالعمل على اتساع مساحة المسجد وإضافة بعض الزخارف إلى الجدران وإنشاء 4 صوامع للمؤذنين حتى يصل صوت الأذان إلى أبعد مصلٍّ، وقام بإضافة فرش من الحصر لتكون بديلًا للحصباء التي كانت تستخدم من قبل، ومنذ ذلك الوقت بدأ حكام مصر عبر السنين الاهتمام بتوسيع مساحة المسجد والعمل على تجميله ليكون كل مكان في هذا المسجد شاهدا على أحد الحكام وترميمه له مثل مئذنة المسجد ذات القمة المخروطية التي ترجع إلى عصر مراد بك.

كما تعرض المسجد أثناء الحملات الصليبية على بلاد المسلمين إلى احتراق مدينة الفسطاط مما أثر عليه، حيث تعرض للهدم، ولكن بعد ضم صلاح الدين الأيوبي مصر إلى حكمه أمر بترميم المسجد عام 568 هـ من خلال إعادة بناء المحراب الكبير والنقوش التي تقع على جدران المسجد.